Модул Матрикс е задължителен основен модул на Агросистеми. Той свързва останалите модули в единна система и позволява достъп до всички закупени от потребителя модули. В него са вградени функционалности за обновяване на версиите на всички части на системата. Служи за архивиране на данните и връзка с новостите в системата, описани на сайта на Агросистеми. През този модул се извършват и основните настройки на системата.